Pierwszy etap oczyszczania ma charakter mechaniczny. Pod wpływem grawitacji zawiesina ciał stałych cięższych od wody opada na dno zbiornika. Takie zjawisko nazywane jest w fizyce sedymentacją.
Następnie do pracy przystępują bakterie zajmujące się beztlenowym rozkładem ścieków, co powoduje ich wstępne oczyszczenie. Najbardziej efektywne jest utlenianie prowadzone przez bakterie aerobowe. To w tym etapie zanieczyszczenia zawarte w ściekach są ostatecznie utylizowane. Procesy fermentacyjne zachodzą w tak zwanym osadniku. Komora osadnika musi być napowietrzona, aby bakterie tlenowe mogły prowadzić proces utleniania i wentylowana ze względu na zbierające się gazy gnilne.
Na koniec oczyszczone już ścieki mogą zostać odprowadzone bezpośrednio do gleby, lub do rzeki, czy rowu melioracyjnego. W tej postaci nie są już groźne dla środowiska.
